Die Stiftskirche, die im 11. und 12. Jahrhundert erbaut und den Heiligen Germanus und Randoald geweiht wurde, war mehrfach ein Opfer der Flammen und zerfiel Ende des 18. Jahrhunderts. An ihrer Stelle errichtete man 1858–1863 die heutige reformierte Kirche, eine flachgedeckte Dreiapsidenbasilika. Sie enthält Glasfenster von Coghuf aus dem Jahr 1961.
Aus der Zeit der Blüte der Abtei stammt die Kapelle von Chalières (früher Saint-Pierre genannt), die nach der Reformation als protestantische Kirche für Perrefitte und Champoz diente. Sie wurde 1019 in Anwesenheit von Kaiser Heinrich II. eingeweiht. Die Kapelle besteht aus dem rechteckigen Schiff und der von einem Dachreiter überhöhten Apsis, deren Kalotte mit gut erhaltenen vorromanischen Malereien (Übergang vom ottonischen zum romanischen Stil in der Westschweiz) ausgestattet ist. Sie wurden bei einer Renovierung 1934–1936 entdeckt.
Auf der südlichen Seite der Birs steht die katholische Kirche Notre-Dame-de-la-Prévôté, die 1963-65 erbaut wurde.
Gorges de MoutierDer heutige Bau des Schlosses (Préfecture) stammt von 1738-42. Der Barockbau wurde auf den Fundamenten des mittelalterlichen Schlosses errichtet, während die mittelalterliche Umfassungsmauer mit ihren Ecktürmen erhalten blieb. Die Préfecture war Verwaltungssitz der Prévôté und zweiter Wohnsitz der Chorherren. Das Rathaus (Hôtel de Ville) wurde 1830 im Stil des Klassizismus erbaut, es besitzt ein Krüppelwalmdach, einen Glockenturm und einen Vorbau. Im Zentrum von Moutier stehen zahlreiche Bauten im Neubarock- und im Heimatstil. Die Fabrikgebäude sind um 1900 entstanden, und viele Arbeiterhäuser datieren aus der Zeit von 1875-80. In Moutier befindet sich das Musée jurassien des Beaux-Arts.
Ein schönes Panorama auf Moutier bietet sich vom Pavillon des Golats auf der Felskrete der westlichen Flanke der Gorges de Moutier. Als Natursehenswürdigkeiten gelten die beiden Klusen Gorges de Moutier und Gorges de Court.